את העתירה נגד ההסכם הגישו משפחות שכולות וארגון שורת הדין. הם טוענים כי צריך להתנות את ההסכם ב"הרחקת מנהיגי חמאס מטורקיה ובהפסקת תמיכה טורקית בחמאס". המדינה טענה בתגובה לעתירה כי לממשלה ישנה סמכות רחבה לניהול את ענייני החוץ והביטחון של המדינה.
בתגובתה טוענת המדינה כי יש לדחות על הסף את העתירות נגד ההסכם, מפני שמדובר ב"הסכם מדיני מובהק שכריתתו מצויה בגרעין הקשה של שיקול הדעת הרחב הנתון לממשלת ישראל לנהל את ענייני החוץ והביטחון של המדינה". בנוסף אומרת המדינה כי זהו בהסכם מדיני הנושא עמו תועלות ביטחוניות מדיניות שאין בית משפט זה נוהג להידרש לכשכמותן".
המדינה טוענת גם כי מדובר ב"שיח בין מדינתי מובהק שהושג לאחר משא ומתן ממושך, מתוך ראייה מפוכחת כי זו התוצאה הטובה ביותר שניתן להשיג בנסיבות הקיימות. תוצאה המגשימה תועלות מדיניות, ביטחוניות, אסטרטגיות מובהקות למדינת ישראל".
כזכור, ההסכם עם טורקיה עורר ביקורת לאחר שסוגיית השבת השבויים והנעדרים בעזה לא הוכנסה כסעיף בעסקת הפיוס. עם החתימה על ההסכם בשבוע שעבר אמר ראש הממשלה, בנימין נתניהו כי הוא מבין את סבלן של המשפחות שאול, גולדין, מנגיסטו והישאם. "יודע מה עובר עליהם, אני מבקש להבטיח לבני המשפחות, שאנחנו לא נפסיק ולא נעצור, עד שנחזיר אותם הביתה, זוהי מחויבות אישית. זהו כלי נוסף לפעול בנושא".
על רקע ההתנגדויות להסכם ממשיכה משפחתו של אורון שאול להיאבק על השבת גופת בנה המוחזקת בידי חמאס. עם הגעתה לכרם שלום של משאית ועליה משלוח מטורקיה לעזה, הבהירה משפחת שאול: "צוק איתן אולי הסתיים בעבור הפוליטיקאים, אבל השארנו בנים מאחור. לכן, המערכה עדין לא תמה. ישראל השפויה. ישראל שעל ברכיה גדלנו, לא משאירה את חייליה מאחור. אין ערך חשוב יותר לחוסן הלאומי והביטחוני ולצערנו הממשלה לא נוהגת על פי הערכים הנעלים הללו".
.