בפברואר שעבר פורסמו ידיעות על מפגש בין ראש המוסד יוסי כהן לעמיתו הסודני סאלח גוש במהלך ועידת הביטחון במינכן, שמטרתה, לפי פרסומים ערביים, הייתה הסכם על תמיכה של ישראל בהפלתו של בשיר ומינויו של ראש השירותים כיורשו, אך זו הוכחשה בידי גורמי הביטחון של סודן, וגוש הודח לאחר המהפכה. הקשר בין ישראל למשטרו של אל־באשיר הוא מכשול לכינון יחסים פורמליים עכשוויים עם המשטר החדש, שהוא תוצאה של הסכם בין הצבא למפלגות האופוזיציה.