כליברל, פרנציסקוס דגל בשוויון מגדרי מלא בתעסוקה ובקבלת החלטות, והתנגד בתוקף לאלימות במשפחה. למרות שלא תמך בהסמכת נשים ככמרות, הוא הרחיב את תפקידיהן בכנסייה והעניק להן זכויות הצבעה בפורומים שהיו חסומים בפניהן בעבר.
בנושא הלהט"ב, עמדותיו עברו התפתחות. בתפקידו כארכיבישוף בבואנוס איירס, התנגד לנישואים חד-מיניים בארגנטינה. אולם הפתיע כשאמר: "אם אדם הוא הומו ומחפש את האל, מי אני שאשפוט אותו?" - הצהרה פורצת דרך ביחס לתקופה ובטח כבכיר בכנסייה.
בנוסף, הבהיר כי "נטיות אינן חטא" והשווה זאת לנטייה לכעס, שהופכת לחטא רק בפגיעה באחרים. בשנת 2023 המשיך במגמה זו כשקרא לביטול חוקים המפלילים הומוסקסואליות, ואף הביע נכונות לשקול ברכת זוגות חד-מיניים, תוך שמירה על תפיסת הנישואים הקתולית המסורתית.
אך דעותיו לגבי מדינת ישראל מציגות סיפור אחר. פרנציסקוס, שביקורו הראשון בישראל ב-1973 נקטע בפרוץ מלחמת יום כיפור, טיפח לאורך כהונתו יחסים מורכבים עם ישראל והעם היהודי. יחסו ליהדות כדת היה חיובי באופן עקבי - "לנוצרי אסור להיות אנטישמי, שכן אנחנו חולקים את אותו השורש", אמר.
כך למשל כתב בספרו האחרון כי ישראל מבצעת רצח עם בעזה, אמר שיש רעב כבד ואף התייחס לאמונתו הדתית כי היהודים הינם "הקורבנות הנצחיים", וכי מטרתם של היהודים הינה להישאר הקורבנות. במסרו האחרון, אמר האפיפיור השנוי במחלוקת, מול אלפי אנשים כי "אתמול הפציצו ילדים". "זו אכזריות. זו לא מלחמה. רציתי לומר זאת כי זה נוגע ללב", בהתייחסו למלחמה בעזה.
בפעם האחרונה שנצפה בציבור, אתמול, בוקר חג הפסחא, אמר פרנציסקוס: "אני מביע את קרבתי לסבלם של הנוצרים בפלסטין ובישראל, ולכל העם הישראלי והעם הפלסטיני... אני פונה לצדדים הלוחמים: קראו להפסקת אש, שחררו את בני הערובה ובואו לעזרתו של עם מורעב השואף לעתיד של שלום!".
התרעות פיקוד העורף