עם זאת, ההודעה על החנינה להרננדס, שטרם הוענקה רשמית, עוררה תדהמה בקרב גורמים משפטיים ומדיניים. הרננדס נידון ל-45 שנות מאסר בגין עבירות סחר בסמים ונשק, במה שנחשב לניצחון גדול לרשויות החוק בארה"ב. טראמפ הסביר כי החליט להעניק את החנינה משום ש"חברים רבים" ביקשו זאת ממנו. הוא הוסיף: "נתנו לו 45 שנה כי הוא היה נשיא המדינה - אפשר לעשות את זה לכל נשיא בכל מדינה". טראמפ כינה את הרננדס קורבן של רדיפה פוליטית, אך לא סיפק ראיות לטענה זו.
בניגוד לדברי הנשיא, התביעה הפדרלית הציגה במהלך המשפט תמונה קשה של שחיתות שלטונית. לפי כתב האישום והעדויות, הרננדס ניהל את הונדורס כ"מדינת נרקו" והפעיל קונספירציית סחר ענקית שהזרימה כ-500 טונות של קוקאין לארה"ב במשך עשרות שנים. התובעים טענו כי הוא קיבל שוחד של מיליון דולר מ"אל צ'אפו", ברון הסמים המקסיקני, והשתמש בכוחו של הצבא והמשטרה כדי להגן על משלוחי סמים. עד במשפט העיד כי הרננדס התרברב פעם כי הוא "ידחוף את הסמים במעלה האף של הגרינגוס" מבלי שהם ידעו.
המהלך יצר דיסוננס חריף מול הצהרות הממשל. הסנאטור הדמוקרטי טים קיין כינה את החנינה "בלתי מצפונית" וטען כי היא מערערת את טענת הממשל שבאמת אכפת לו מסחר בסמים. טומי ויטור, דובר לשעבר במועצה לביטחון לאומי, ציין את האבסורד בכך שהרננדס מקבל חנינה בעוד שארה"ב מבצעת תקיפות צבאיות נגד מבריחים זוטרים בים.
הרננדס, שעלה לשלטון ב-2013, נתפס בעבר כבעל ברית של ארה"ב, אך עם סיום כהונתו הוסגר לניו יורק, אירוע שהוביל לחגיגות המוניות בהונדורס. משפחתו ניסתה לשכנע את טראמפ כי הרשעתו הייתה נקמה פוליטית, טיעון שהנשיא אימץ כעת, למרות הראיות הכבדות שהוצגו במשפטו.