באותה עת שימש חמינאי כמועמד לנשיאות ונציגו של חומייני במועצת הביטחון העליונה. חומייני שיגר אליו מכתב שבו טען כי אויבי המהפכה ניסו להתנקש בו וכי פעל אך ורק למען האסלאם והמדינה. חודשים ספורים לאחר מכן, לאחר הדחת נשיא אחד ורצח יורשו, נבחר חמינאי לנשיאות בספטמבר 1981.
לדברי בלאיש, חמינאי ביסס את כוחו האזורי לא באמצעות הצבא הסדיר של איראן, אלא דרך כוח קודס של משמרות המהפכה, גוף הכפוף לו ישירות ועוקף את הנשיא. עמדתו כלפי מה שמכונה ציר ההתנגדות הובעה במפורש: אם איראן תחדל מתמיכתה בעם הלבנוני והפלסטיני, טען, ארצות הברית תשנה את מדיניותה העוינת כלפי הרפובליקה האסלאמית.
התמיכה בפלסטינים ובלבנונים הוגדרה על ידו כחובה אסלאמית מרכזית. במחקרו Reading Khamenei הראה סג'דפור כי חרף חילופי נשיאים, מרפורמיסטים ועד שמרנים קיצוניים, השקפת עולמו של חמינאי היא שגברה בכל הנוגע לעימות עם ארצות הברית, לדחיית קיומה של ישראל ולתמיכה בשלוחות המשטר מלבנון ועד תימן.
התרעות פיקוד העורף