על פי דיווח של רשת איראן אינטרנשיונל, וושינגטון הטילה סנקציות על יותר מ-30 מדענים של הארגון ועל ישויות מסונפות, תוך האשמת הארגון בפיקוח על פעילויות מחקר ופיתוח דו-שימושיות הישימות לנשק גרעיני ולמערכות שילוח.
בעוד שטהראן מכחישה כי היא חותרת להשגת נשק גרעיני, סוכנות האו"ם לאנרגיה אטומית ומעצמות המערב, כולל ארצות הברית ובעלות בריתה באירופה, טוענות כי להעשרת האורניום ברמה גבוהה של עד 60 אחוזים באיראן אין הצדקה אזרחית אמינה. כיום, איראן מחזיקה בכ-400 קילוגרמים של אורניום מועשר ברמה הקרובה לזו הנדרשת לפצצה.
קיימות ארבע סיבות המצביעות על כך שישיבת מועצת ההגנה הייתה קשורה ככל הנראה לשלב הסופי של קבלת ההחלטות על בניית נשק גרעיני.
ראשית, הרכב המשתתפים מהווה אינדיקטור מרכזי. הנוכחות המקבילה של שני ראשי ארגון המחקר ההגנתי, לשעבר ומכהן, לצד שר ההגנה שהוא הממונה עליהם, מרמזת כי הפגישה עסקה בענייני גרעין ולא בפעולות בשדה הקרב. לו הייתה הישיבה מתמקדת במלחמה עצמה, מפקדים מבצעיים בכירים היו צפויים להשתתף במקום גורמים הקשורים לתעשיית הנשק הגרעיני.
שנית, עלי שמחאני דיבר בפומבי על נשק גרעיני חודשים קודם לכן. ארבעה חודשים לפני מותו, הוא אמר בריאיון כי לו יכול היה לחזור אחורה בזמן לתקופת כהונתו כשר ההגנה, הוא היה בונה פצצת אטום. שלישית, תפקידיו של שמחאני הציבו אותו במרכז התיאום בין מוסדות שונים.
כיועצו הבכיר של חמינאי, כמזכיר מועצת ההגנה וכשר הגנה לשעבר, הוא קיים קשרים ענפים עם גורמים במשרד, כולל המחלקה האחראית על פיתוח נשק מיוחד. הוא גם תואר כמפקד בכיר המפקח על קציני משמרות המהפכה המעורבים בפיתוח נשק גרעיני, וכן כחוליה המקשרת בין רשתות אלו לחמינאי עצמו.
רביעית, באחת מהתבטאויותיו הפומביות האחרונות, אמר שמחאני לרשת הטלוויזיה הלבנונית אל-מיאדין כי מלחמה עם ארצות הברית וישראל היא בלתי נמנעת וכי על הרפובליקה האסלאמית להתכונן לכך.
שילובם של גורמים אלו עשוי להעיד כי הפגישה שנפגעה בהפצצה הייתה קשורה לשלב הסופי של קבלת ההחלטות בנוגע לפיתוח נשק גרעיני. עם זאת, לא ידוע אם ישראל הייתה מודעת לכך שהכינוס עסק בדיונים אפשריים על בניית נשק גרעיני, או שהיא כיוונה לפגישה פשוט משום שהיה ידוע כי בכירים איראנים נוכחים בה.
התרעות פיקוד העורף