מבקר המדינה טוען, כי הצעת המכון לראש הממשלה, אשר בעקבותיה ניתנה ההנחיה, לא עלתה בקנה אחד עם היכולות המוגבלות של המכון בתחום הייצור לפני התפרצות מגפת הקורונה. עוד נטען בדו"ח, כי המל"ל איפשר להעלות לדיון את נושא החיסון ולהציג את ההצעה לראש הממשלה, למרות שהיה מודע לכך שמטה עוזר שר הביטחון לא ידע בעוד מועד על מכתב מנהל המכון ולא קיים תהליך בקרה בנושא.
מבקר המדינה קובע, כי "הפרויקט נוהל שלא בהתאם לנהלים התקפים במכון, ומטה עוזר שר הביטחון איפשר את התנהלות הפרויקט בלי שהתקיימו תהליכי הבקרה הנדרשים".
לוח הזמנים הצפוי לביצוע הפרויקט התארך מכ-11 חודשים לכ-36 חודשים, והתוספות התקציביות הוצגו בחלקים ולא כתמונת מצב מלאה (עלייה מכ-63 מיליון שקל לכ-1.4 מיליארד שקל). "בכך נמנע שיקוף מלא של לוח הזמנים הצפוי וההשקעה הנדרשת לפרויקט, שעד למועד סיום הביקורת הושקעו בו כ-230 מיליון שקל", נטען עוד בדו"ח. "במועד סיום הביקורת, יולי 2022, פרויקט החיסון והנוגדנים במכון, שהוגדר כמשימה לאומית, נסגר בלי שפיתוחם וייצורם של החיסונים והנוגדנים הושלם, ובלי שהם אושרו לשימוש בבני אדם".
בסיכום הדו"ח קובע אנגלמן: "הפרוייקט נכשל. המכון הביולוגי הציג מצג שווא של התקדמות ועלויות, כאשר המציאות היתה שונה לחלוטין. גם אם ניתן לקבל זאת בתקופה הראשונית של מצב החירום, אסור להסכים להתנהלות שאינה עולה בקנה אחד עם כללי מינהל תקין בתקופה לאחר מכן".
המבקר אנגלמן ממליץ כי מטה עוזר שר הביטחון והמכון יערכו תהליך להפקת לקחים לגבי הליך פיתוח החיסון על ידי המכון, בפרט לשם חידוד מנגנוני הבקרה בתהליכי הפיתוח והייצור המבוצעים במכון.