מבקר המדינה, השופט (בדימוס) יוסף שפירא, שיגר מכתב לראש הממשלה, בנימין נתניהו, ולשר הפנים גלעד ארדן, לגבי דוח ביקורת בנושא "תיעוד לאומי ביומטרי – תקופת המבחן" שנשלח אליהם טרם פרסומו. במכתב, קורא שפירא לעצור את הליכי החקיקה בנושא.

במכתבו מציין מבקר המדינה כי הואיל ודוח הביקורת מעלה ליקויים מהותיים ומכיוון שלדברים משמעות ציבורית מרחיקת לכת ורגישות רבה, הם מתבקשים להביא לידיעתו בהקדם את הפעולות שנעשו לתיקון הליקויים שהועלו בדוח, זאת בטרם יתחיל הליך החקיקה בנושא.

כזכור, במרץ 2008 אישרה הממשלה הצעת חוק הקוראת ליצירת מאגר ביומטרי לכל אזרחי ישראל. בעקבות כך, אזרחי ישראל יחויבו בעתיד למסור את טביעות אצבעותיהם ותמונתם תילקח לצורך זיהוי תווי פנים.‏

מתנגדי החוק הזהירו כי קיומו של מסד נתונים מסוג זה עלול לפגוע בחירויות האזרח וכי דליפה אפשרית של המאגר תשמש עבריינים או גורמיים עוינים כלפי אזרחי ישראל. החוק אושר בדצמבר 2009. ביולי 2013 החל הפיילוט המאגר הביומטרי והוא יימשך עד לחודש יולי השנה.