“א. יחידות גדודי החי"ר המבצעות לא ששו לבצע פעולות מעבר לגבול. נראה כי דבר זה נבע מחוסר אמונת היחידה בעצמה ובכושרה לבצע פעולות החורגות מהמקובל וכאלו אשר להן לא הורגלו בעבר.
“ב. ברוב המקרים נמצאה הצדקה למפקדים אשר גילו חוסר מנהיגות ואי דבקות במטרה. חדירה לכפר אשר נתקלה בשומר או בכלבים נובחים הייתה לעתים גורם לאי ביצוע ונסיגת הכוח".
איתן קבע שהביצועים הכושלים של צה"ל נבעו בין היתר מהעובדה ש"הכנות לביצוע הפעולות בחלק מהיחידות היו לעתים בלתי יסודיות ומספיקות. הידיעות על השטח והיעדים היו בלתי עדכניות, וטעויות של אי מציאת היעד או הפתעות אחרות במצב היעד, כגון קיומן של גדרות, ערנות שמירה וכו', גרמו לביצוע כושל של הפעולות".
מסקנות המסמך על תפקודו של צה"ל בארבע וחצי השנים הראשונות אחרי מלחמת העצמאות היו:
“א. חוסר אמונה של היחידות בעצמן ובכושרן המבצעי מהווה אחד הגורמים אשר השפיעו על הרמה הקרבית הנמוכה של היחידות.
“ב. הגורם הנ"ל אף הביא להפרזה במגבלות האובייקטיביות ולהצדקתן. תופעות של אי רצון לביצוע וכושר ביצוע ברמה נמוכה היו כאילו מובנות ומקובלות.
“ג. גורמים אלה יחדיו צמצמו את קנה המידה לכושר הלוחמים ואפשרויות הביצוע. מצב זה נמשך עד אשר פעולות התגובה החלו פושטות צורתן הקודמת, עם הצלחת המבצעים אשר בוצעו על ידי יחידה 101".
דוח איתן בא לידי ביטוי, בין היתר, בזיכרונותיו של איש ה–101, דוד בן עוזיאל (“טרזן"), שעד הקמת ה–101 שירת בנח"ל. “עברתי טירונות במחנה אלנבי בירושלים. מוטה גור היה קצין הדרכה. צה"ל של אותן שנים התנהל בשיטות מבזות ומשפילות. חשבו שכדי לבנות את אישיותו של לוחם יש קודם לשבור אותו. התעללות הייתה שם המשחק. לא הייתה לי שום תחושה של שירות צבאי. המ"פ בקורס המ"כים שלי בנח"ל היה סופפו (סעדיה אלקיים), איש הפלמ"ח לשעבר, שהיה אחר כך מ"פ בצנחנים ונהרג בפשיטת עזה. גם אצלו היו התעללויות. זה הרקע לרצוני לעבור ליחידה 101".
ראש הממשלה ושר הביטחון דוד בן־גוריון, שעוד לפני פרוץ מלחמת העצמאות הגיע למסקנה שלארגון ההגנה ולפלמ"ח אין ערך צבאי, הבין ב–1953 כי הוא נכשל בניסיון להקים צבא של ממש, וכי המערכת הפוליטית של ישראל בלתי יעילה ומסואבת. הזקן החליט לפרוש מהממשלה ומהפוליטיקה וחזר לתקופה מוגבלת לחיים בשדה בוקר. הוא תכנן להניע בתקופה זאת הקמת מערכת פוליטית “חלוצית" ויעילה, שגם תאפשר לו להקים מערכת ביטחון וצבא יעילים. בימים שבין החלטותיו הדרמטיות לבין פרישתו הוקמה בצה"ל יחידה 101 בפיקודו של רס"ן אריק שרון, שחוללה את המהפכה המשמעותית בתולדות צה"ל. על פי המסמך של איתן, כבר בשנות ה־50 הבינו זאת במטכ"ל, ובוודאי שבן־גוריון הבין זאת, ולכן ויתר על הקמת צבא חדש ויעיל כשחזר לפוליטיקה בפברואר 1955, שהרי שרון עשה לו, לכאורה, את העבודה.
בלילה שבין 12 ל–13 באוקטובר רצחו מחבלים פלסטינים אם ושני ילדיה, בן שנה וחצי ובת 3, בני משפחת קניאס ביהוד, והארץ רעשה. העקבות הובילו לכפר קיביה. לפי פרופ' בני מוריס, בספרו “מלחמות הגבול של ישראל, 1956–1949": “בבוקר 13 באוקטובר נועד בן–גוריון - שבאותם ימים נפש בטבריה - עם ממלא מקום שר הביטחון, לבון, הרמטכ"ל מקלף וראש אג"ם דיין (שרת לא הוזמן) במורדות גבעה ממערב לכנרת, שם התנהל תמרון צה"לי, והחליטו להגיב בחריפות על תקרית ההרג ביהוד... הוחלט כי 50 מכלל 280 בתי כפר זה יפוצצו... דיין העביר הוראה לראש מחלקת המבצעים במטכ"ל, אל"מ מאיר עמית, והלה הורה לעוזריו להכין את פקודת ‘מבצע שושנה'", על שם הפעוטה שנרצחה ביהוד.
לפי פרופ' גבי שפר בספרו “משה שרת": “שרת לא ידע דבר וחצי דבר על התייעצות הארבעה ועל היקף הפעולה המתוכננת, וכששמע על כך לראשונה מפי לבון, התלבט אם לאשרה או לדחותה". הדרת ראש הממשלה בפועל והאי התחשבות בהתנגדותו לאחר שנודע לו, מצביעה על אפשרות שראש הממשלה המתפטר, ממקום חופשתו, וראש אג"ם המיועד להיות רמטכ"ל, רקמו מזימה.
היו שאמרו שזו מזימה ברוכה, היו שחלקו - פרופ' ישעיהו ליבוביץ', שביקר בחריפות את המבצע, לא חשב כך. כך או כך, קבלת החלטה תקינה מבחינה דמוקרטית ומנהלית זאת לא הייתה. לעומת זאת, עבור שרון הייתה זאת ברכה גדולה, שכן ההיסטוריה מלמדת כי מהפכות מוצלחות מתחוללות ברוב המקרים על “סף הכאוס".
פקודת המבצע המטכ"לית קבעה שמטרת הצבא היא: "א. ביצוע פעולות חדירה לכפרים נעלין ושוקבא, במגמת פיצוץ וחבלה במספר בתים, ופגיעה ביושביהם. ב. ביצוע פעולת תקיפה על הכפר קיביה במגמת כיבוש זמני, פיצוץ בתים ופגיעה בתושבים, והברחתם מן הכפר".
ללשכת ממלא מקום אלוף פיקוד המרכז, יוסף איתן (שחתום על המסמך הנ"ל - האלוף שהה בחו"ל) זומנו סמג"ד 890 אריה אפרת (המג"ד יהודה הררי שהה בחו"ל) ומפקד 101 אריק שרון. חיילי 101 היו אמורים לכבוש את הכפרים, לפוצץ את הבתים ולהרוג תושבים, והצנחנים היו אמורים לבצע חסימות כדי למנוע מן הלגיון הירדני להתערב בפעולה. עד אז התבזו הצנחנים בכמה כישלונות, ואפרת היסס לפקד על הפעולה. שרון אמר שהוא מוכן לפקד על הפעולה וביקש שתוקצה לו פלוגת צנחנים. נכונותו אושרה והוקצתה לו פלוגה בפיקודו של איש הפלמ"ח לשעבר, אהרון דווידי. הקשר בין שרון לדווידי היה תנאי הכרחי למהפכת ה–101. שרון היה המנהיג, ודווידי היה המחנך.
בדיווח סודי ביותר לראש אג"ם, משה דיין, סיכם נציג ישראל בישיבה, רס"ן שמואל נוטוב, את ממצאי החקירה של ירדן ושל האו"ם מאותו יום. זה פרסומו הראשון: “בהצגת תלונתו נקב מייג'ור יסחק אל־ברגותי במספרים הבאים: בקיביה 42 הרוגים, 15 פצועים. נהרסו 41 בתי מגורים, בית ספר, תחנת משטרה וטחנת מים. כמו כן נהרגו מספר בהמות. בשוקבא סמל משטרה פצוע. בבודרוס כמה בתים נפגעו ואוטובוס, על ידי הפגזה.
“מייג'ור יסחק טען שההתקפה בוצעה על ידי צבא ישראלי סדיר, בכוח של גדוד, והתבטא שזו לפי דעתו הכרזת מלחמה על ירדן.
“קומנדר פינו מסר את תוצאות החקירה: 4 פריצות בגדר התיל על ידי בונגלור טורפדו, פיצוצים, אשר לפי הערכתו דרשו כ–70 שקי טי.אן.טי, שלושה שקים נשארו במקום. ההריסות הן ברובן בחלק הצפוני–מערבי של הכפר. 15 בתים במערב, 4 בתים בצפון־מערב, טחנת מים, תחנת משטרה, בית ספר ותחנת טלפון במרכז. עשרה בתים בדרום. נוסף לכך סימנים של פגזי מרגמה 52 מ"מ נראו במרכז הכפר.
“אחד משקי הטי.אן.טי הובא לישיבה כמוצג. כמו כן, הובאו 4 רימוני יד מסומנים בכתובות סדרה וכו' ישראליות. קומנדר פינו הביא גם זנבות פגזי מרגמות 81 מ"מ. הוא טען שספר בבודרוס 27 פגיעות פגזים. אנשי האו"ם משוכנעים שהפעולה בוצעה על ידי צה"ל".
למחרת שלח חבר המשלחת הישראלית לאו"ם, גדעון רפאל, מכתב “אישי כמוס" לשר החוץ, ובו ציין את הנזק המדיני שגרמה הפעולה לישראל. בין היתר הוא שאל את שרת “האם התקיים דיון יסודי לפני ביצוע פעולת קיביה, שבו שקלו את מצבנו הבינלאומי בשעה זו?", ולסיום קבע: “היות שאפשר לשער מראש שתוצאות הפעולות אינן צבאיות–ביטחוניות בלבד, אלא גם מדיניות, ותשפענה הן על היחסים הבינלאומיים של המדינה בכללותם, ועל יחסי ישראל–ערב בפרט, היה צריך לדעתי להיוועץ לפני ביצוע הפעולה גם במשרד החוץ".
בגילוי דעת לאומה שידר בן־גוריון ב–19 באוקטובר את הגרסה הרשמית: “...עשינו בדיקה מדויקת ונתברר לנו בהחלט כי אף יחידה צבאית קטנה ביותר לא נפקדה ממחנה בליל ההתקפה בקיביה". לפחות בצה"ל ידעו שראש הממשלה הנערץ שיקר לציבור. מכאן שמותר לשקר בהתאם לנסיבות, והמידע שמפיצה ישראל לא בהכרח אמין.
המניפולציה של בן־גוריון לא עזרה, וכן לא עזרו הדוחות הרשמיים. בזיכרון הקולקטיבי זכורה הפעולה, קודם כל אצל הפלסטינים, כ"טבח קיביה". גם פקודות המבצע מחזקות זיכרון זה, הנמצא כאמור בבסיס של התרבות הלאומית הפלסטינית. אבל המשתתפים חוזרים שוב ושוב על הטיעון שלא היה שום טבח, אלא רק פיצוץ בתים שהמבצעים האמינו שהם ריקים. לדבריהם, פקודות המטכ"ל, הפיקוד והגדוד לא הגיעו לידיעתם, ולהם לא נאמר שיש להרוג אזרחים, בוודאי לא נשים וילדים, אלא רק לפוצץ בתים שתושביהם פינו אותם.
ראש הממשלה שרת היה מדוכא אחרי הפעולה. יש עדויות שבן־גוריון היה עליז. ביצוע המשימה, לראשונה מאז מלחמת העצמאות, עודד אותו. לפי הביוגרף שלו, מיכאל בר־זוהר, הודה בן־גוריון אחרי שנים, שהפעולה הייתה משגה ושהוא מתבייש בה. בן־גוריון דרש להביא אליו את שרון. על הפגישה יש עדויות גם של בן־גוריון ביומנו וגם של שרון. במשך 45 דקות חקר בן־גוריון את שרון על עברו ועל משפחתו, והתפעל מכך שאביו של שרון שהיה אגרונום הביא את הקלמנטינות ארצה. שרון הדגיש בשיחה שלוחמי ה–101 אינם טיפוסים שליליים המחפשים הזדמנות להרוג אזרחים. בן־גוריון אמר לו: “לא חשוב מה יגידו אומות העולם, חשוב איך יגיבו ערביי האזור, ומבחינה זאת הפשיטה הצליחה". ביומנו ציין בן־גוריון בסיפוק ששרון הבטיח לו שאנשי ה–101 “לא יתרעמו על שידורי" שלא הם ביצעו את הפעולה.
אחרי כשנה סיכם שר הביטחון החדש, פנחס לבון, את עמדתו בנושא ביצועי צה"ל, בישיבת המטה הכללי: “היו מקרים בתקופה הזאת שיחידות צבא שנשלחו למבצעים כאלה, פשוט לא עמדו בזה. הקו הגס המפריד הוא שההצלחות היו של יחידה אחת של צה"ל, וכישלונות היו של צה"ל".
דיין נכנס לתפקידו כרמטכ"ל בדצמבר 1953, ומיד פירק את יחידה 101, סילק את מפקדי גדוד 890 מתפקידם, ומינה את שרון ואת פקודיו למפקדי הגדוד. הצנחנים עברו תהליך של מאה–אחדיזציה וביצעו את כל פעולות הגמול שבין 1956–1954. על כך נכתב במסמך אג"ם/מבצעים הנ"ל: “רוב הפעולות מעבר לגבול בוצעו בשלב זה על ידי יחידה 101, אחר כך על ידי גדוד 890, והצלחתם המבצעית החזירה לכלל יחידות צה"ל את האמונה בכוחות עצמם. נראה כי אף כושרן המבצעי עלה עקב כך".
למבצע קדש הגיעו הצנחנים כחטיבה 202 בפיקוד שרון. אחרי קרב המיתלה התחולל נגדו מרד של מפקדי הגדודים, עקב תפקודו הלקוי, לדעתם, בקרב. ב–25 באפריל 1957 זימן שרון, לקראת פרישתו, את כל קציני הצנחנים בסדיר ובמילואים, לכנס בתל נוף, בהשתתפות ראש הממשלה ושר הביטחון דוד בן־גוריון, שבו סיכם את שלוש השנים שבהן הוא חולל את המהפכה בצה"ל, וכאן מופיע פרסומו הראשון. על אירועי קיביה אמר:
“קיביה נפלה. איתה נפלה, לפחות בשבילנו, אגדת הכפר הערבי הבלתי נכבש. כאשר חזרנו מקיביה, לא חזרנו שיכורי ניצחון. אומנם כלפי חוץ הייתה לנו הרגשה מסוימת שיש צה"ל מצד אחד, ויש יחידה 101 מצד שני. יחידה אשר אומנם מונה בסך הכל 25 איש, אבל בלעדיה צה"ל לא מסוגל לזוז יותר. זאת הייתה הרגשה טובה, אבל לא בריאה. מי שעשה חשבון הנפש ראה כי למעשה הצליחה רק הפעולה בקיביה עצמה. שתי הפעולות בנעלין ובשוקבא לא בוצעו בהתאם להוראות. אני מניח שהיה ודאי מי שבירך על כישלונות אלו, למחרת היום כשנודעו תוצאות הפעולה בקיביה עצמה. אנו עשינו חשבון נפש והגענו למסקנה, שחרף ידיעותינו על האויב, בתוך השטח הוא נהיר לנו יותר. הלכנו כבר בוואדיות אם כי טרם פתרנו את בעיית המארבים. הביטחון העצמי עלה בהרבה, אבל מה שהיה ברור הוא שלמעשה הצליחה רק הפעולה הגדולה. כאשר התחילה החקירה שלנו בעניין, בלט לפנינו הצורך במפקדים עצמאיים, המסוגלים לבצע באופן עצמאי משימות המוטלות עליהם. ראייה זו של מפקדים שבה ומטרידה אותנו במשך חודשים רבים ואף שנים יותר מאוחר".
שלמה באום, סגנו של שרון ב–101, שפיקד על הכוח שהשתלט על קיביה, סיכם גם הוא את התקופה, באוזני, בשנות ה־80 של המאה שעברה: “בניגוד לדעה הרווחת, לא המצאנו שום תורת לחימה חדשה. אם לומר בפשטות: חזרנו לערכי הלחימה הבסיסיים שנשתכחו בצה"ל, כמו דבקות במשימה, ניידות והפתעה, ומנהיגות הצועדת בראש הכוח. החזרנו עטרה ליושנה. כש–101 התלבשה על הצנחנים, היא נטעה בהם מחדש רוח לחימה, וגרמה לשינוי הסטנדרטים בצבא כולו. במובן זה הייתה השפעתה של ה–101 על צה"ל בלא שום יחס לגודל היחידה, למשך קיומה ולמספר הפעולות שביצעה. החזרנו לחיילי צה"ל את האמונה בכוחם, והכנסנו את האויב למצב של נחיתות פסיכולוגית. אלה הם שני צדדים של אותה מטבע. הכנסת האויב למצב של נחיתות פסיכולוגית הייתה אצלי עניין של אידיאולוגיה. זה היה התוצר העיקרי של פעולות הגמול. במבצע סיני, שהיה האחרון והגדול שבפעולות הגמול, הרימו המצרים רגליים וברחו, מיד כשכוחותינו הגיע למגע עמם. הם פשוט לא האמינו שבכוחם לעמוד נגד צה"ל, וזאת ללא קשר עם המצב הפיזי בשטח.
“מצד שני, פעולות הגמול לא הביאו ולא יכלו להביא לשום פתרון יסודי במערכת היחסים בינינו לבין מדינות ערב. עצם הבחירה בפעולת פשיטה מלמדת שאנחנו לא מדינה על אמת ולא הבנו ריבונות אמיתית מהי. שלמעשה אנחנו עוסקים בכיבוי שריפות ואין לנו שום מדיניות. כי ‘אין ברירה' איננה מדיניות בתוקף הגדרה. אתה שואל מה היינו צריכים לעשות? ובכן, היינו צריכים להתייחס אל עצמנו כאל מדינה ריבונית המותקפת בשיטה של מלחמת טרור מכוונת. היינו צריכים ויכולים להתייחס אל ירדן כאל מדינה ריבונית ולהחזיקה אחראית למעשי מלחמה, ולתקוף אותה במלוא כוחנו הצבאי. לו היינו עושים זאת ב–1953–1954, ספק אם נאצר היה מעז להיכנס למשחקי הפדאיון ב–1955, ואנחנו לא היינו יוצאים למבצע סיני. יתר על כן, קרוב לוודאי כי שלום עם ירדן היה הופך לעובדה, עוד בשנות ה־50.
“מורשת ה–101 והשפעותיה ארוכות הטווח קשורות לתופעת מות האסטרטגיה בצה"ל. וכאן, מבחינה היסטורית, אנחנו מגיעים לטור החובה. ה–101 והצנחנים הצמיחו מפקדים קרביים מעולים, אשר לא השכילו לראות מעבר לשדה הקרב, גרמו להשתלטות הטקטיקה על האסטרטגיה בצה"ל. התהליך לא התרחש ביום אחד, וקשה היה לצפות אותו מראש. ההנחה הייתה שלפחות חלק מאותם מפקדים מוכשרים ירכשו ניסיון ודעת, וישלטו באסטרטגיה, כשם ששלטו בטקטיקה. הנחה זו לצערי לא התאמתה".