מבקר המדינה בחן את עבודת המטה וסדרי קבלת ההחלטות של מועצת מקרקעי ישראל, הגוף האחראי על התווית מדיניות הקרקע על-פיה פועלת רמ"י (רשות מקרקעי ישראל), פיקוח על פעולותיה ואישור הצעת התקציב לפעילותה, שבראשה עומד שר האוצר משה כחלון. הביקורת בחנה את התנהלות המועצה בשנים 2016-2015, ומצאה כשלים בתהליך קבלת ההחלטות, בפיקוח על רמ"י ובמעקב אחר יישום החלטותיה. יתר על-כן, המבקר קובע כי הרכב המועצה הקיים עומד בסתירה לקבוע בחוק במה שנוגע לנציגות מטעם ארגוני סביבה, מיעוטים וקק"ל. 

ליקוי מרכזי בתפקוד המועצה עליו עמד המבקר נוגע לאחד מתפקידיה הבסיסיים - אישור התקציב. התקציב הדו-שנתי שעל-פיו פועלת רמ"י בשנים
2018-2017 אינו אושר על-ידי המועצה, ואף כלל לא נידון בה. למעשה, ועדת תקציב התקציב של המועצה לא התכנסה ולו פעם אחת בשנים 2017-2015. עבודת המטה של רמ"י לקראת דיון בהצעות החלטה המגיעות למועצה, קבע המבקר, אינה עומדת בדרישות שעל רשות מנהלית לעמוד בהן, ואף לא באלה של רמ"י עצמה.

כך, ל-92% מהצעות ההחלטה בשנים 2016-2015 לא צורפה חוות-דעת משפטית. בדומה לכך, להצעות החלטה רבות לא צורפו נתונים תומכי-החלטה או חלופות כנדרש. ועדת הביקורת אינה ממלאת את תפקידיה הבסיסיים, כמו פיקוח על יישום החלטות, בחינה מעמיקה של ליקויים שצוינו בדו"חות קודמים של מבקר המדינה והצגת המלצות לתיקון בפני המועצה.
 

ליקוי מרכזי נוסף שמצא המבקר קשור להרכב המועצה. על-פי החוק מורכבת המועצה משבעה נציגי משרדים ממשלתיים, שישה נציגי קק"ל, ושר האוצר כיו"ר, ובנוסף אליהם מוטל על שר האוצר והשר להגנת הסביבה למנות משקיף מטעם גופים ציבוריים העוסקים באיכות הסביבה. אולם מאז 2016 ישבו במועצה שני נציגים מקק"ל – וכיום אחד בלבד, ולא יושב בה משקיף מטעם ארגוני הסביבה. בנוסף, למרות תיקון לחוק ממארס 2017 הקובע כי אחד מנציגי הממשלה מועצה צריך להיות מקרב האוכלוסייה הערבית, הדרוזית או הצ'רקסית, טרם מונה. רמ"י מסרה כי חלק מהנציגים האמורים מצויים בתהליכי מינוי, אך לא מסרה לוח זמנים להשלמת התהליך. המבקר קורא למועצה לתקן את הליקויים הרבים ו"לבצע שידוד מערכות בכל הנוגע לפיקוח שלה על פעולות רמ"י".
מבקר המדינה על יחידת השירותים הווטרינריים: ליקויים בפעולה למניעת התפשטות מחלות

דו"ח מבקר המדינה מצא כי יחידת השירותים הווטרינריים במשרד החקלאות לא פעלה באופן מספק למניעת התפשטות מחלת הברוצלוזיס, מחלה השכיחה בעיקר בקרב צאן, בקר וגמלים ומועברת מבעלי-חיים לבני-אדם. בשנים האחרונות חלו מאות בני אדם בישראל במחלה, רובם בדואים מאזור הנגב. בעוד שהיחידה ידעה על העלייה בשיעור התחלואה במחלה בשנת 2012, היא החלה בביצוע תכנית חומש למזעור התחלואה רק ב-2014.

יתר על כן, בשנים שקדמו למבצע לא אכפו השירותים הווטרינריים את חובת חיסון העדרים מפני המחלה, ודגמו אחוז נמוך מן הדרוש מקרב העדרים לצורך אבחון המחלה. כתוצאה מכך היה בידי השירותים הווטרינריים מידע חלקי בלבד על שיעור התחלואה בקרבה העדרים, וסמוך לתחילת המבצע כ-70% מעדרי הצאן בנגב לא חוסנו. בנוסף, רק בסוף 2015 החלו השירותים הווטרינריים בפעולות המתה של צאן וגמלים נגועים, וזאת בשל היעדר תקציב לפיצוי עבור המגדלים. כתוצאה מכשלים אלו המשיכו בעלי-חיים להיות מקור להפצת המחלה לתקופה ממושכת. 
 
לא זו בלבד שתכנית החומש החלה באיחור, נאמר בדו"ח, היא גם הופסקה בטרם הושגו היעדים שנקבעו לה, וזאת בשל סכסוך עבודה שפרץ ב-2016 בין ועד עובדי השירותים הווטרינריים למשרד החקלאות, על רקע גיוס עובדים לתכנית דרך מיקור-חוץ. למרות הצהרות משרדי האוצר והחקלאות בפני משרד מבקר המדינה בתחילת השנה הנוכחית כי נמצאה נוסחה לפתרון סכסוך העבודה וכי המבצע יחודש מיידית, נכון לפברואר הוא לא חודש. 
 
סוגיה נוספת בה עסק דו"ח המבקר היא הפרטת החיסונים של עדרי צאן מפני מחלות אבעבועות צאן ודבר צאן. בינואר 2015 העביר משרד החקלאות את האחריות על חיסון עדרי צאן מהשירותים הווטרינריים למגדלים עצמם, שנדרשו לפנות לווטרינריים פרטיים, וביולי 2016 הפכו חיסונים אלה מחיסוני חובה לחיסוני רשות. המבקר מצא כי בעקבות מהלך זה, המידע שנמצא בידי השירותים הווטרינריים אודות הכיסוי החיסוני של מחלות אלו (שיעור בעלי-החיים החולים) לוקה בחסר משום שחלק מן הווטרינריים הפרטיים לא דיווחו כראוי. 
"לצמצם את חלקן של התמיכות העקיפות בחקלאות"

שיעור התמיכות העקיפות בחקלאות הישראלית מתוך סך התמיכות החקלאות גבוה במידה ניכרת משיעורן בקרב מדינות OECD והאיחוד האירופי, ולפי דוח מבקר המדינה על הממשלה לפעול להפחתת שיעור זה. תמיכות עקיפות הן תמיכות אשר אינן משולמות לחקלאים ישירות, אלא נועדו לסייע להם בדרכים עקיפות, כגון מכסי-מגן המייקרים מוצרים מיובאים מתחרים, מחיר מטרה, ומכסות ייצור המונעות הצפה של השוק המקומי. תמיכות אלו היו המרכיב העיקרי בתמיכות הממשלה בחקלאות בישראל בשנים 2010 עד 2016, והן מרוכזות בענפי החלב והביצים".
 
"בדוח נאמר כי הנטל של התמיכות העקיפות מוטל על הצרכנים ולא על תקציב המדינה, הן מתאפיינות במידה פחותה של שקיפות, והן "עלולות לגרום לעיוות בהחלטות של החקלאי בנוגע לכמות הייצור ולאופיו, ובכך לפגוע ביעילות של הענף ובתחרותיות שלו". הדו"ח מבקר את אי מימושן של רפורמות לצמצום המעורבות והתכנון הממשלתיים בענפי החלב והביצים, אשר צפויים היו להביא לירידת מחירים ולייעול. הרפורמה בענף ההטלה נחוצה, נאמר בדו"ח, הן לצורך התייעלות הענף והוזלת המחירים לצרכן והן מטעמים הנוגעים לבריאות הציבור, לרווחת בעלי החיים ולאיכות הסביבה.

בנוסף לכך, הדו"ח קובע כי למשרדי האוצר והחקלאות אין מתווה מדיניות ארוך-טווח לשיפור מבנה התמיכות בענפי החקלאות, וזאת בעיקר בשל מחלוקות  בין משרדי החקלאות והאוצר לנציגי החקלאים. ב-2013 החליטה הממשלה למנות צוות לגיבוש המלצות לשינוי מדיניות התמיכות, אולם שני צוותים שהוקמו בשנתיים הבאות לא הגיעו להסכמות ולא סיימו את עבודתם". 
 
"סוגיה נוספת בה עסק המבקר הוא הליך הענקת תמיכות ישירות. הדו"ח מצא כי היקף הסיוע שנותנת מנהלת ההשקעות במשרד החקלאות באמצעות מסלולים מנהליים שנועדו לשרת מטרות הדומות למטרות "החוק לעידוד השקעות הון", גדול בהרבה מהיקף הסיוע הניתן באמצעות המענקים הקבועים בחוק זה. בכך הסיוע שמעניק המשרד "עוקף למעשה את אמות המידה שנקבעו בחוק". המבקר קורא למשרדי החקלאות והאוצר להסדיר בהקדם את הנושא.

תגובת רשות מקרקעי ישראל לדוח המבקר: רמ"י קיבלה לידה את דוח הביקורת ובימים אלה שוקדת על למידתו והפקת הלקחים הנדרשים ממנו. כבר בשלב גיבוש התגובה לטיוטת הדוח, החלה רמ"י ביישום וצמצום הפערים שהועלו על ידי המבקר. בין היתר, יזמה הרשות שינויים בתקנון מועצת מקרקעי ישראל שעיקרם חובת הצגת תשתית נתונים ראויה להצעות ההחלטה, לרבות התייחסות היועמ"ש והתייחסות להיבטים  תקציביים ככל הנדרש. בנוסף, כדי שהמועצה תוכל להקדיש את עיקר משאביה לניהול המדיניות הקרקעית של ישראל בצורה היעילה והטובה ביותר, הקימה המועצה ועדת משנה לבחירת הנושאים שיובאו לדיון במליאת המועצה.