בינואר 2023 פנה "פורום אחַיי למען משפחות ילדי תימן, מזרח והבלקן החטופים" ("פורום אחיי") למשרד מבקר המדינה בבקשה לברר טענה הנוגעת לחומר ארכיוני של ועדת כהן-קדמי שהופקד בארכיון המדינה. בפנייה נטען, כי החל משנת 2020 פנה הפורום לארכיון המדינה בדרישה לקבל בין השאר מחשב של הוועדה שהופקד בארכיון עם החומר האגור בו, אך הארכיון השיב כי "המחשב לא אותר".
"כך לא נשיג את יעדי המלחמה": מסמך הזעם של הבכיר שהתפטר | דיווח
כפסע מהנורמליזציה? היועץ לביטחון לאומי של ארה"ב עם בשורה מפתיעה
מבירור שערך מבקר המדינה בארכיון המדינה, עולה, כי ועדת כהן-קדמי הפקידה בארכיון המדינה מחשב ובו רשומות אלקטרוניות של הוועדה. אולם, המבקר מצא שהמחשב אבד בארכיון. "מסיבות שאינן ברורות הארכיון לא שמר את תוכן המחשב לאחר שהוא הופקד בו. עקב כך 22 שנים לאחר שהמחשב הופקד בארכיון, יש חשש כי מסמכים ונתונים של הוועדה אשר נשמרו במחשב אבדו עימו, ולא יפורסמו לציבור, כנדרש על פי החלטת הממשלה מנובמבר 2016", מתריע מבקר המדינה.
בביקורת עלה כי לאחר שהמחשב של ועדת כהן-קדמי הופקד בארכיון המדינה, הוא הושאל לאחד מעובדי הארכיון, בלי שמולאו בטופס פרטים, כגון תאריך ההשאלה, אשר מאפשרים להתחקות אחר המחשב, ולא הוחזר מעולם.
מארכיון המדינה נמסר בתגובה: "ככלל, ארכיון המדינה אינו מקבל להפקדה מחשבים פיזיים ממוסדות המדינה, אלא את המידע שנמצא בתוכם. האירוע הנדון מתייחס למקרה יחידי שקרה לפני מעל ל-20 שנה. אך יש להדגיש, ממידע שהועבר לארכיון המדינה - כל החומר שנכתב במחשב ועדת החקירה הודפס והופקד בארכיון, והחומר הניירי שמור בארכיון ואף מונגש לציבור.
"בתקופת השאלת המחשב האבוד נוהלו ההשאלות בעזרת טפסים ידניים. כיום, הארכיון מקיים מעקב אחר השאלה והחזרת החומרים הארכיונים באופן דיגיטלי. וכן, מאז האירוע גיבש הארכיון נהלים חדשים לשם מניעת הישנות המקרה".