רכבת העמק יוצאת לדרך, וכנהוג בפתיחת תחנות חדשות, כפי שנעשה בשדרות, הנסיעה הראשונה בה תהיה ללא עלות, לפחות בהתחלה. בתקופת ההרצה של רכבת העמק, שתחל ב-16 באוקטובר ותימשך עד ה-4 בנובמבר 2016, ניתן יהיה לעלות בכל אחת מתחנות רכבת העמק ולנסוע בחינם לכל יעד בארץ. הנוסעים יקבלו כרטיס נסיעה הלוך ושוב, בקופות הכרטיסים של תחנות רכבת העמק. לאחר תקופת ההרצה, ניתן יהיה לנסוע מתחנות רכבת העמק ללא תשלום (הלוך ושוב) במשך שלושה חודשים ברציפות, מתחנות רכבת העמק לכל יעד בארץ, באמצעות כרטיס רב-קו אישי. הנסיעה מתחנת כפר יהושוע ללא תשלום תתאפשר לתושבי עשרות הרשויות המקומיות שבאזור בלבד.
בתום שלושה חודשים של נסיעת חינם, תינתן הנחה של 50% (הלוך ושוב) במשך שנתיים נוספות, לנוסעים שיעלו בכל אחת מתחנות רכבת העמק (למעט, תחנת חיפה) לכל יעד בארץ. הנסיעה מתחנת כפר יהושוע, בהנחה של 50%, תתאפשר לתושבי הישובים שסביב התחנה. רכבת העמק תפעל בין תחנות עתלית, חיפה ובית שאן בין השעות 06:23 בבוקר ועד לשעה 19:23 בערב. בכיוון השני תפעל הרכבת מבית שאן לעתלית, בין השעות 06:53 בבוקר ל-20:53 בערב.
שירות אוטובוסים יפעל בין תחנות רכבת העמק לישובי הסביבה, בכל שעות הפעילות של הרכבת. מדובר ב-38 קווי שירות, מתוכם כ-17 קווי הזנה שיופעלו מישובים שונים לאורך המסלול. קווים אלה יגיעו לתחנת הרכבת לפני יציאתה וימתינו לנוסעי הרכבת. לאורך מסילת העמק שהוקמה בין חיפה לבית שאן, נבנו ארבע תחנות רכבת חדשות מתוך שש תחנות שתוכננו על תוואי הקו: בית שאן, עפולה, מגדל העמק - כפר ברוך ויוקנעם - כפר יהושוע. בשלב מאוחר יותר, מתוכננות שתי תחנות רכבת נוספות, האחת במרכזית המפרץ והשנייה בנשר.