דו"ח מבקר המדינה בדק את רמת השקיפות של משרדי הממשלה במסגרת חוק חופש המידע הדורש מהשרים להנגיש לציבור את הנעשה במשרדיהם. בדו"ח עולה כי חלק מהמשרדים אינם ממלאים את לשון החוק כלל ביניהם משרד ראש הממשלה ומשרד התרבות. "דוחות שנתיים נועדו לאפשר למי שמעוניין בכך גישה נוחה למידע בתחומים הנוגעים לפעילותה של הרשות הציבורית" נכתב בדו"ח  "משרד ראש הממשלה ומשרד התרבות והספורט לא פרסמו את הדוחות השנתיים שלהם לשנים 2016-2015; משרד ירושלים ומורשת לא פרסם את הדוח השנתי לשנת 2016 כנדרש בחוק חופש המידע." 

מלבד הגשת הדוחות השנתיים מתבקשים המשרדים השונים להשיב על בקשות חופש המיעד המגיעות מאזרחים ועמותות. היחידה לחופש המידע הגדירה שישה משרדי ממשלה כ"רשויות מפרות" זאת כיוון שלא השיבו על בקשות חופש המידע שהוגשו להם באופן פרטני גם לאחר שהיחידה לחופש המידע דרשה מהם לעשות כן. 

בין המשרדים המוגדרים "רשויות מפרות" משרד האוצר, המשרד להגנת הסביבה והמשרד לשירותי דת. המבקר מציין לרעה את המשרד להגנת הסביבה: "לא השיב כנדרש במשך שנים על בקשות מידע מסוימות מן הציבור. בהתנהלותו זו עלולה להיות פגיעה בזכותו של הציבור לקבל מידע מרשות ציבורית, המגיעה עד לכדי הפרה של הוראות חוק חופש המידע". על משרד האוצר כתב המבקר כי הוא "משיב לעתים על בקשות מידע באיטיות, ולעתים אינו משיב כלל". 

חוק חופש המידע שנחקק בשנת 1998 הוא בעל חשיבות רבה למנהל תקין ובמסגרתו נדרשות כל רשויות המדינה לספק לציבור מידע על אופן התנהלותם, יישום חוקים ומדיניות וליקויים אם ישנם. העובדה כי חלק מהמשרדים אינם ממלאים את לשון החוק מעידה על התנהלות בלתי תקינה שפוגעת בזכותו של הציבור לדעת מה נעשה על ידי נציגי הציבור בפרט ובמשרדים הממשלתיים בכלל.