עם התרת פרסום הפרשה שזעזעה את המדינה, התברר כי חוליית הטרור שביצעה שורה של פעולת תג מחיר והצתות על רקע לאומני פעלה בתאים בודדים שלא נמצא קשר פעולתי ביניהם, אולם כולם פעלו תחת אותה התארגנות. מכתבי האישום שהוגשו הבוקר (ראשון) לבית המשפט המחוזי מרכז שבלוד, עולה כי הנאשם המרכזי הוא  עמירם בן-אוליאל, בן 21 משילה, הנאשם ברצח שלושת בני משפחת דוואבשה בכפר דומא, בניסיון רצח של בן משפחה נוסף ובעבירות נוספות של ניסיון רצח והצתה שבוצעו ממניע גזעני. נאשם נוסף, קטין בן 17, נאשם בקשירת קשר לביצוע פשע ובעבירות נוספות ממניע גזעני, בין היתר בהקשר לפיגוע זה. כמו כן, מיוחסת לו הצתה בכנסיית דורמיציון.

כתב אישום נוסף הוגש הבוקר נגד ינון ראובני, בן 20 מאופקים, ונגד קטין בן 17 הנאשמים במעורבות באירועי טרור אחרים. כל ארבעת הנאשמים מואשמים בחברות בארגון טרור. הגשת כתבי האישום אושרה ע"י היועץ המשפטי לממשלה ופרקליט המדינה.

מכתבי האישום, עולה  כי במהלך השנים 2009-2013 ביצעו פעילים יהודים פעולות שונות שכונו "תג מחיר", ואופיינו בהצתת רכוש וריסוס כתובות נגד מוסלמים ונוצרים רק בשל השתייכותם הדתית או הלאומית. מטרת-העל שלהם הייתה ליצור רתיעה בקרב מקבלי ההחלטות ולהניא אותם מפינוי יישובים ומאחזים בשטחי יהודה ושומרון, נוכח החשש מפעולות נוספות ומהפרות סדר עתידיות שיבוצעו כתוצאה מכך. פעילי תג מחיר הוכרזו ב-2013 כ"התאחדות בלתי מותרת".
בכתבי האישום נטען, כי במהלך השנתיים האחרונות החלה לפעול התארגנות פעילים קיצוניים שביקשו לקדם תפיסה אידאולוגית אלימה יותר שמטרתה ערעור יציבותה של מדינת ישראל באמצעות הפעלת טרור ואלימות, לרבות פגיעה בנפש ושפיכות דמים. בהתאם לכך, ארבעת הנאשמים מואשמים בחברות בארגון טרוריסטי אשר שם לו למטרה להביא לתבערה ביטחונית על רקע לאומני ובין דתי. הפעולות האלימות אותן ביצעו הנאשמים במסגרת ארגון הטרור נועדו להעביר מסר מרתיע ולזרוע אימה ופחד בקרב האוכלוסייה הלא יהודית. 
בכתב האישום הראשון נאמר, כי לאחר רצח מלאכי רוזנפלד ז"ל בידי פלסטינים ביוני 2015, קשרו עמירם בן-אוליאל והקטין הנאשם עימו קשר לבצע פיגוע נקמה נגד ערבים ולהמית אנשים. במסגרת זו, שוחחו השניים על מיקום הפיגוע וסיכמו לבצעו בכפר דומא ובמידת האפשר לבצע פיגוע נוסף בכפר מג'דל הסמוך, בכוונה להמית אנשים השוהים בבתיהם.
לשם כך, הכין בן-אוליאל תיק עם שני בקבוקים מלאים בנוזל דליק, סמרטוטים, מצית, קופסת גפרורים, כפפות ותרסיס צבע שחור. ב-30 ביולי בלילה לבש בן-אוליאל בגדים כהים ויצא מביתו עם התיק כדי להיפגש עם הנאשם הקטין במערה במאחז המכונה "יישוב הדעת". לאחר שלא פגש בקטין, החליט בן-אוליאל לבצע את הפיגוע לבדו.

כשהגיע לפאתי הכפר דומא קשר את חולצתו סביב ראשו על מנת להסתיר את פניו ועטה הכפפות על ידיו. על מנת להגביר את הפגיעה ולהבטיח כי הבית שיצית אינו נטוש, חיפש בן-אוליאל בית בעל סממנים המעידים כי הוא מיושב. תחילה, הוא ריסס כתובות "נקמה" ו"יחי המלך המשיח" על קירות בית דו-קומתי השייך למאמון דוואבשה, ואז השליך בקבוק תבערה דרך חלון הבית בכוונה להמית את יושביו. הבית, שהיה ריק מאדם, עלה באש.
מיד בהמשך פנה בן-אוליאל לעבר ביתם של סעד ורהאם דוואבשה כשבידו בקבוק התבערה השני. לאחר שניסה לפתוח שני חלונות ללא הצלחה, פתח את חלון חדר השינה בו לנו באותה עת בני המשפחה, הדליק את בקבוק התבערה השני, השליכו לעבר החלון ונמלט בריצה. האש החלה לבעור ואחזה בכל ארבעת בני המשפחה. עלי סעד דוואבשה, פעוט בן שנה וחצי, ושני הוריו, סעד וריהאם דוואבשה, נהרגו ואחמד בן ה-4 מאושפז עדיין בבית החולים מזה 5 חודשים לאחר שנכווה כוויות קשות.
לבן-אוליאל מיוחסות 3 עבירות רצח וכן ניסיונות רצח, הצתה, וקשירת קשר לביצוע פשע ממניע גזעני. הקטין נאשם בקשירת קשר לביצוע פשע מסוג רצח ממניע גזעני, הצתה, היזק בזדון ממניע גזעני ועבירות נוספות.
שני כתבי האישום כוללים שישה אישומים נוספים, בהם מיוחסות לשני הנאשמים הקטינים ולינון ראובני ביצוע שורה של עבירות יחד עם שותפים נוספים. במקרה אחד, הציתו השלושה רכב פרטי סמוך לכפר הפלסטיני עקרבא לאחר ששפכו נוזל דליק על מכסה המנוע, וריססו על קיר חומה סמוך "דש מימ"ר חמניות". השלושה אף הציתו חבילות חציר שהונחו באסם תבואה הצמוד לביתו של תושב הכפר עקרבה, וריססו על קיר הסמוך למחסן התבואה את הכתובת: "תג מחיר נקמת היהודים".
במקרה אחר, הציתו ראובני והקטין מונית בכפר יאסוף, וריססו על קיר סמוך את הכתובת "תג מחיר". בשתי הזדמנויות ניקבו שני הנאשמים הקטינים את צמיגיהם של כלי רכב רבים בבית צפאפא וריססו כתובות על גבי כלי הרכב או מדרכות סמוכות. בנוסף, לאחר שהוצא צו האוסר על כניסת ידידו של ראובני ליהודה ושומרון ועל רקע שמועה לפיה בכוונת הכנסייה הנוצרית לתפוס חזקה בקבר דוד המלך, קשרו ראובני ושני הנאשמים הקטינים קשר להצית את כנסיית הדורמיציון בעיר העתיקה בירושלים. השלושה תיאמו מפגש בירושלים בליל ה-26.2.15 כשהם מצוידים באמצעים לשם ביצוע ההצתה. 
כשהגיעו אל הכנסייה, פתחו באמצעות מקל את חלון חדר האמבטיה הנמצא באגף בו לנו באותה העת תלמידי סמינר הכנסייה, שפכו פנימה נוזל דליק והציתו באמצעות גפרורים את החדר. כמו כן, הם נאשמים שריססו על קיר הכנסייה כתובות גנאי כלפי ישו ומריה וכן "גאולת ציון אוהבת את משה אורבך". לאחר מכן נמלטו מהמקום.
ראובני והקטינים נאשמים, כל אחד לפי חלקו בכתב האישום, בריבוי עבירות הצתה, היזק בזדון ממניע גזעני, קשירת קשר לביצוע פשע, עלבון דת ממניע גזעני ועבירות נוספות. כאמור, כל הארבעה נאשמים גם בחברות בארגון טרוריסטי. הפרשה נחקרה בידי שירות הביטחון הכללי ומשטרת ישראל – מחוז ש"י.