במערכת הביטחון נערכים לכל התרחישים האפשריים עם הגעת המשט לשטח המים הטריטוריאליים של ישראל. לצה״ל תינתן פקודה על ידי הדרג המדיני לאחר שתוצג בפניו הערכת מצב ממפקד חיל הים.
כמו כן, במיילים האחרונים תלווה את המשט ספינת טילים של חיל הים ובין הצדדים יתנהל דיאלוג מסודר במטרה להגיע להסכמה על המשך דרכו של המשט.
עם זאת, לאחר אירועי המרמרה לפני כחמש שנים, כל תרחיש אפשרי - החל מליווי צה"לי של המשט לחופי עזה וגירוש הפעילים ועד ירי לכיוון המשט והטבעתו.
נכון לכתיבת שורות אלו, בצה"ל לא מתכוונים לתת למשט להגיע לחופי עזה ומתכוונים לעצור אותו. ההערכות הן כי אנשי המשט כבר מיצו את ההד התקשורתי שלו ציפו והם צפויים לשתף פעולה עם ההוראות שיקבלו מחיל הים.
עם זאת, תרחישים שבהם לוחמי שייטת יידרשו להשתלשל מחבלים לסיפון הספינה או להגיע אליה בצורה מסודרת ובטוחה יותר, עדיין נמצאים על שולחנו של צה"ל. במערכת הביטחון מדגישים כי בניגוד לטענת הפלסטינים, עזה לא נמצאת תחת מצור, שכן בכל יום נכנסות לפחות 600 משאיות לרצועת עזה ועליהן ציוד רפואי, חומרי בנייה ומזון.
מנגד, על עזה מוטל סגר ביטחוני, ולכן לא ניתן יהיה לאשר לספינה להיכנס לשטח הרצועה, גם מחשש לביטחונם של הפעילים, חלקם ישראלים.
יש לציין כי בכל יום נאלץ חיל הים להתמודד עם סירות רבות העושות דרכן לחופי עזה, חלקן מלאות באמל"ח ובציוד שנועד לחמש את חמאס. לפי הטענות חלק מסירות אלה מופגזות ומוטבעות על ידי חיל הים. אלא שהמשט הזה נועד בעיקר לעורר פרובוקציה ולכן האפשרות הזאת קלושה עד בלתי אפשרית.
כך או כך, לאן שלא יפנה הדרג המדיני את הצבא, הספינה תובל אחר כבוד לחופי נמל אשדוד. "הם יגיעו לחוף ויגורשו מיד", הבהיר אתמול גורם בצה"ל, שם נמנעו באופן עקרוני מעיסוק בנושא.