כ-900 אלף תושבים מתגוררים ב-407 יישובי עימות הנמצאים סמוך לגבולות ישראל ובאיו"ש. בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה כי במשך שנים רבות יישובי העימות אינם מקבלים את מלוא מרכיבי הביטחון שהם זכאים להם. בנוסף מצאה הביקורת שהיקף המשאבים המושקע בשיקום ואחזקת מרכיבי הביטחון השונים קטן מהנדרש בצורך המבצעי שהוגדר על ידי מערכת הביטחון עצמה, הבעיה הזו בולטת במיוחד ביישובים ביהודה ושומרון.



למרות שמבקר המדינה המליץ כבר לפני שש שנים כי יהיה גורם אחראי אחד שתפקידו יהיה לקבוע את סדרי העדיפויות בהקצאת המשאבים, גם בביקורת הנוכחית לא היה גורם כזה ובפועל פיקוד העורף והיחידה להתיישבות במשרד הביטחון עסקו במקביל באותם הנושאים, כאשר היחידה להתיישבות הקצתה את תקציבה באופן שונה מסדר העדיפויות שקובע צה"ל. ולא בהתאם לצרכים הביטחוניים שנקבעו על בסיס האיומים הרלוונטיים לכל ישוב על פי צרכיו. המבקר קובע שראוי ששר הביטחון יקבע כי שסדר העדיפויות המבצעי שקובע צה"ל יחייב את פיקוד העורף ואת היחידה להתיישבות כאחד.
 

בביקורת עלו מקרים שבהם לעיתים תכופות לא הגדיר צה"ל את קשרי העבודה בין הכוח האחראי בשטח לבין הרבש"צים ובמקרים נוספים לא נאכפו פקודות בכל הקשור בהגנת היישובים. כפיפות כפולה של הרבש"צים לרשות המקומית  ולצה"ל מקשה עליהם את תפקידם ולא פעם יש התנגשות בין הצרכים והדרישות של הרשות לאלה של צה"ל. 365 רבש"צים מועסקים על ידי יישובים, 42 על ידי מועצות אזורית ו- 19 בלבד על ידי משרד הביטחון. הנתונים הללו מובילים לליקויים שונים בהפעלת הרבש"צים, תפקיד שיש לו חשיבות רבה בתפיסת ההגנה של היישובים המועצות האזוריות והקשר הביטחוני שבין האזרחים לצה"ל.
 
בביקורת עלו גם ליקויים בכל הקשור בניהול ובבקרה של פיקוד העורף את מרכיבי הביטחון ביישובים - בניהול ומעקב אחרי מרכבים הקשורים למרכיבי הביטחון ביישובים ובניהול רשימת פערים נמצאו ליקויים נתון שמקשה על הבקרה שאמורה לשקף את מצב הכשירות של היישובים. חוסר בתחנות ממסר פוגע ביכולת להשתמש במערכת הקשר המשותפת "ברק כתום" וכתוצאה מכך נפגעת התקשורת בין צה"ל לכוחות ההגנה ביישובים, המבקר קובע כי נוכח החשיבות הרבה של נושא זה יש לפתור מצב זה בהקדם האפשרי.

המבקר מציין בדו"ח הביקורת פיגוע דקירה שהתרחש באפריל 2016, שבו נפצע אזרח ישראלי לאחר חדירת מחבל ליישוב. ממצאי התחקיר העלו כי מערכת "ברק כתום" לא נתנה מענה עקב בעיות קליטה, מה שהקשה מאוד על התיאום בין כוחות הצבא ליישוב. עוד עלה מהביקורת כי יש מחסור משמעותי במכשירי הקשר וכן נמצא כי בכל מכשירי הברק הכתום לא נצרבו תדרי משטרת ישראל ולכן המכשירים אינם יכולים לשמש לתקשורת עם גורמי משטרה.
 
משרד מבקר המדינה בדק את הציוד של 47 מחלקות להגנת יישוב בגוש עציון ובעוצבת אדום, ממצאי הביקורת העלו כי ב-35 יישובים היה מחסור בציוד, בחמש מתוך מחלקות ההגנה שנבדקו לא היו אפודים וקסדות ובארבע מחלקות נוספות היה חסר אחד קסדות או אפודים. עלות השלמת הפערים במרכיבי הביטחון בכלל  הישובים הנדרשים לכך עומד על מאות מיליוני שקלים כל עולה מאומדן מבקר המדינה לאור הממצאים שנמצאו.

מצה"ל נמסר בתגובה: "צה"ל מקדם בברכה את דו"ח המבקר, ילמד בקפידה את ממצאיו ויפעל ליישום הליקויים. כפי שצוין בדוח, התיאום בין גופי צה"ל והקשר עם גורמי ביטחון אחרים מהווה נדבך משמעותי במרכיבי הביטחון ביישובי העימות בישראל. לחלק ניכר מהמלצות הביקורת ניתן מענה כבר במהלכה. צה"ל ימשיך ללמוד את הדו"ח, ולפעול לאור ההמלצות הכלולות בו.
בכל הנוגע לתיאום בין הגופים הרלוונטיים בצה"ל להגנת יישובי העימות, בימים אלו מבוצעות עבודות מטה המגדירות את ממשקי העבודה וסדר העדיפויות בנושא, בהתאם להערכת המצב. ככלל, צה"ל מבצע התאמה של מרכיבי הביטחון לכל יישוב בהתאם לסיווגו ולאיומים הקיימים. תכנית העבודה בנושא טיפול במרכיבי הביטחון לשנת 2018 נכתבה בשיתוף היחידה להתיישבות, זאת על מנת לוודא את התיאום בין הגופים. 
בכל הנוגע למעורבות הרבש"צים בביטחון יישובי העימות, בעקבות ההערות שעלו במהלך הביקורת, חודדו ההנחיות לכל כוח המגיע לתעסוקה מבצעית בנוגע למחויבותו לקיום קשר מול הרבש"ץ. צה"ל אחראי לזמן את הרבש"צים להערכות מצב תקופתיות ולעדכנם בכל נושא רלוונטי ובהתאם לאירועים. צה"ל רואה את תפקיד הרבש"ץ כגורם משמעותי לביטחון הגזרה ועל כן, מקיים בקרה בנושא. בכל עת נמצאים פיקוד העורף והפיקודים המרחביים בקשר שוטף ומקצועי עם ראשי הרשויות המקומיות ובעלי התפקידים הביטחוניים על פי צורך ודרישה".