בימים אלה צפוי מתחיל מבצע של חיסון אוכלוסיית הפליטים ביוון, כדי להבטיח שהפליטים שהגיעו ליוון וזקוקים לחיסונים - יזכו לקבל אותם במועד הנכון, כך מדווח היום (שני) ארגון הבריאות העולמי. החיסונים יסופקו לפי לוחות הזמנים המקובלים ביוון לחיסון האוכלוסייה הכללית. הקמפיין הראשון לקריאה להתחסן מיועד להגיע לכ-6,000 פליטים והקמפיין השני מיועד להגיע לכ-20,000 פליטים נוספים. כ-50,000 פליטים ומהגרים חיים בכחמישים מרכזים ומחנות שונים ביוון. 60% מהם הם נשים וקטינים ואחד מכל שלושה מהם הוא ילד. ארגון הבריאות העולמי מציין שהחל מסוף חודש אפריל ניתן לקבוע שהדמוגרפיה היוונית השתנתה ולכן יש צורך בהתערבויות חדשות בתחום הבריאות.
באמצע חודש מרץ 2016, נפגשו נציגי ארגון הבריאות העולמי באירופה עם שר הבריאות היווני והוחלט על ידי שני הצדדים על חיסון של הפליטים והמהגרים שהגיעו לאחרונה ליוון. לצורך העניין הוקמה ביוון וועדה מיוחדת שהחליטה על השקת קמפיינים הקוראים לחיסון האוכלוסייה החדשה שהיגרה למדינה. הוועדה החליטה על מבצע חיסונים למהגרים שנמצאים ביוון למעלה משבוע. ארגון הבריאות העולמי יספק סיוע טכני למשרד הבריאות היווני ויפקח על תכנית החיסונים כדי שיהיה שיטתי ובר-קיימא וללא גישה מפלה או סטיגמות כלשהן.
מי שנמצא בסיכון הגבוה ביותר ממחלות שניתנות למניעה על ידי חיסונים הם הילדים הצעירים שמעולם לא חוסנו, משום שתכנית החיסונים בארצות המוצא שלהם שובשה בשל אירועי המלחמה. המעבר בין ארצות ותנאי המחיה הצפופים של הפליטים מעלים את הסיכון למחלות ומגפות שניתנות למניעה על ידי חיסונים.
הבעיות העיקריות של פליטים ומהגרים, בדרך כלל דומות לאלה של יתר האוכלוסייה אם כי יש רגישויות שונות שאין לאוכלוסייה של ילידי המקום. הבעיות השכיחות ביותר של פליטים שהגיעו עכשיו לארצות אירופאיות הן פציעות מתאונות, היפותרמיה, כוויות, מחלות עיכול, אירועי לב וכלי דם, סיבוכים של הריונות ולידות, סוכרת ולחץ דם גבוה. נשים שהן פליטות ומהגרות מתמודדות עם אתגרים ייחודיים, בעיקר כאלה הקשורים לבעיות גינקולוגיות והורות, בריאות לאחר לידה ובריאות התינוק, בעיות בתחום המין והריון ובעיות שנובעות מאלימות כלפיהן.
החשיפה של פליטים ומהגרים לסיכונים קשורה לנדידה של האוכלוסייה: בעיות נפשיות, בעיות בהריון, עלייה במוות של תינוקות, בעיות של סמים, בעיות של תזונה, אלכוהוליזם וחשיפה לאלימות. אוכלוסיות רגישות, בעיקר ילדים, חשופים לזיהומים בדרכי הנשימה ומחלות עיכול בגלל תנאי מחייה ירודים, כמו כן, תנאי סניטציה ירודים עלולים להוביל לזיהומי עור. מעבר לכך, מספר מקרי המוות בעת חציית הים התיכון עלה באופן משמעותי. ב-10 החודשים הראשונים של שנת 2015 לפני נתוני ארגון האו"ם לנושא הפליטים 300 אנשים בערך מתו בים או הוכרזו כנעדרים.