השלכות המתח בין המערכת המשפטית למערכת הפוליטית ותוצאות נזקי ממשלת המעבר נותנים את אותותיהם ובימים האחרונים מעלים גורמים בכירים במשרד המשפטים חשש להשלכות המחלוקות העזות בכל הנוגע להליך בחירת פרקליט המדינה הבא במקומו של שי ניצן. היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, הציב כתאריך יעד להשלמת ההחלטה בדבר כתבי האישום נגד ראש הממשלה בצמידות לסיום כהונתו של פרקליט המדינה שי ניצן. "אנחנו כבר בתחילת חודש נובמבר סמוך לסיום כהונת פרקליט המדינה ונראה שהצעדים בדרך לקידום ועדת האיתור לבחירת מחליפו של ניצן כלל לא מתקדמים", אומרים הגורמים. 
בשנת 1998 פורסם דוח הוועדה הציבורית לבחינת דרכי המינוי של היועץ המשפטי לממשלה. הוועדה המליצה לממשלה לאמץ את המלצותיה למינוי יועץ משפטי לממשלה בראשה עמד הנשיא בדימוס שמגר, גם במינוי פרקליט המדינה. בפברואר 2004 החליטה הממשלה למנות ועדה לבחירת פרקליט המדינה. הרכבה של הוועדה היה שונה מההרכב שהמליצה עליו ועדת שמגר. על שינויים בהרכב הוועדה הוסכם במסגרת פשרה בין היועץ המשפטי לממשלה לשעבר מני מזוז, לבין שר המשפטים דאז, פרופ' דניאל פרידמן, מחלוקת שבעקבותיה הוחלט שלא יכהן שופט בוועדה.

בעקבות החלטה זו, הוועדה כוללת את היועץ המשפטי לממשלה, שמשמש יושב ראש הוועדה, נציב שירות המדינה, מנכ"ל משרד המשפטים (סיגל יעקבי, שגם היא מינוי זמני), נציג של לשכת עורכי הדין ונציג האוניברסיטאות. 

ברור כעת כי עקב המחלוקת יהיה קשה עד מאוד להגיע להסכמות בדבר זהות פרקליט המדינה הבא. בעבר עלה שמו של יהושע (שוקי) למברגר שהיה בעברו משנה לפרקליט המדינה כמועמד רלוונטי, אך במערכת המשפט חוששים מ"שפן שייצא מהכובע" ויטרוף את הקלפים, מועמד מבחוץ שיובא מטעם גורמים פוליטיים. 
חשש נוסף הוא שאם לא תקודם הקמתה של ועדת האיתור ייאלץ שי ניצן להאריך כהונתו או שאת התפקיד הרגיש ימלא מ"מ זמני וזאת לצד לשר משפטים זמני וממלא מקום למפכ"ל ולגורמים בכירים נוספים.