דוח מבקר המדינה על מבצע צוק איתן והתנהלות הקבינט המדיני-ביטחוני צפוי להיות קשה במיוחד, במיוחד לגבי שר הביטחון המתפטר משה בוגי יעלון, הרמטכ"ל בעת המבצע, רא"ל במיל. בני גנץ וראש אמ"ן, אלוף אביב כוכבי, היום מפקד פיקוד צפון, כך לפי גורמים שראו את טיוטת הדוח.
על פי דיווחים, הממצאים מתמקדים בחוסר המידע שסופק לחברי הקבינט המדיני-ביטחוני על חומרת האיום שמציבות מנהרות הטרור של חמאס שנחפרו מתחת לגבול על אזור עוטף עזה.
"המסקנות הן שהמידע לא הועבר לשרי הקבינט ולכן לא היו להם הכלים לקבל החלטות מושכלות", אמרו הגורמים. לדבריהם, במהלך השנתיים שלפני המבצע, הקבינט דווח פעם אחת בלבד על איום המנהרות, "וגם אז זה היה יותר כמו הערת שוליים". בדוח מצוין שרק שר אחד - נפתלי בנט - העלה את האיום בישיבות הקבינט ודחף למבצע קרקעי על מנת להרוס אותן. בנט ככל הנראה למד עליהן ממפקדי צה"ל בשטח.
על פי הדוח, שר הביטחון יעלון לא הסכים להצעה של בנט וספג ביקורת קשה מיו"ר הבית היהודי ומשרים נוספים. הדוח מסביר שעבר יותר משבוע מתחילת המבצע עד פתיחת המבצע הקרקעי ב-17 ביולי, זאת לנוכח חוסר המוכנות של צה"ל להתמודד עם המנהרות.
לפני שבועיים התפרסמו הדלפות מטיוטת הדוח, לפיהן מופיעה בו ביקורת חריפה על ראש הממשלה בנימין נתניהו, שר הביטחון יעלון והרמטכ"ל גנץ. בין השאר, נטען בטיוטת הדו"ח כי נתניהו ויעלון לא עדכנו את הקבינט בהתרעת השב"כ מפני עימות צבאי אפשרי מול חמאס בחודש יולי 2014, וכי קבינט ממשלת נתניהו לא דן מעולם באיום המנהרות עד מבצע צוק איתן.
עוד נכתב בדו"ח כי בניגוד להערכות המצב שסיפק הרמטכ"ל גנץ לדרג המדיני, התארכה המלחמה הרבה מעבר למשוער. עוד דווח שגם לאחר חשיפת המנהרה ההתקפית של חמאס בכרם שלום ביום הראשון של המבצע העריך הרמטכ"ל בפני הקבינט שאין לחמאס כוונה ומוכנות לפעולות התקפיות נוספות מהמנהרות. למרות זאת, בהמשך המבצע אירעו ארבע תקיפות של מחבלי חמאס מארבע מנהרות טרור נוספות.
בעקבות ההדלפות תקפו מקורבי ראש הממשלה את המבקר, השופט בדימוס יוסף שפירא: "זה דו"ח לא רציני של מבקר לא רציני שמחפש כותרות ומדליף את עיקרי הדו"ח עוד לפני פרסומו", נמסר מסביבת נתניהו, שם הוסיפו: "אנו דוחים את הטענות אם אכן יופיעו כך. הנתונים לא נכונים עובדתית. המערכה נוהלה בשקיפות מול הקבינט. התקיימו דיונים רבים בנושא המנהרות".
גם בסביבת שר הביטחון משה יעלון תקפו לאחר ההדלפות את מבקר המדינה: "מדובר בטיוטא שהיא שערורייתית, מהדלפתה טרם התייחסות המבוקרים, ועד המידע שנכתב בה, שאינו מחובר למתרחש. העובדות בטיוטא אינן מדויקות, ומי שכתב אותה אינו מבין מהי מערכת קבלת החלטות וכיצד פועל קבינט".
רא"ל (במיל.) גנץ הגיב גם הוא על הדיווחים ואמר כי "אני יכול להצר מאוד על העובדה שטיוטת הדו"ח הגיעה אליי 24 שעות אחרי שהגיעה אל התקשורת", אמר גנץ והוסיף: "אני יכול להגיד לכם שצוק איתן והדרך אליו נוהלו בצורה שקולה, אחראית ומאוזנת".