מצרים הייתה המדינה הערבית הראשונה שהכירה בישראל ב-1979, אך כעת מערכת היחסים בין שתי המדינות עומדת בפני משבר חריף ברקע המלחמה בעזה והחשש בקהיר מנהירה של פלסטינים מעזה לחצי האי סיני. בכירים מצרים המכירים את המצב מסרו לוול סטריט ג'ורנל כי היחסים בין שתי המדינות נמצאים בנקודת השפל שלהם זה לפחות שני עשורים. 

גורם בכיר במצרים: "נתניהו מהווה סכנה לאזור כולו"
המשבר הולך ומעמיק: נתניהו ביקש לשוחח עם נשיא מצרים - וסורב
א-סיסי נגד ישראל: "זאת הסיבה שהיא מעכבת את כניסת הסיוע לעזה"

מערכת היחסים נלחצת כעת עוד יותר על ידי החות'ים בתימן הפוגעים בספינות בים האדום המיועדת לעבור דרך תעלת סואץ "במפגן תמיכה בפלסטינים". מצרים איבדה השנה כ-40% מהכנסותיה מהמעבר בתעלת סואץ בהשוואה לתקופה המקבילה אשתקד, בעוד שתנועת מעבר הספינות ירדה בכ-30%, כך על פי רשות תעלת סואץ. אם המשבר יימשך, מצרים עומדת להפסיד מיליארדי דולרים.

"השלום הקר כביכול התקרר עוד יותר הן במישור השלטוני והן במישור האזרחי", אמר אופיר וינטר, חוקר בכיר במכון הישראלי למחקרי ביטחון לאומי לוול סטריט ג'ורנל. לצינון המעמיק עלולות להיות השלכות מרחיקות לכת. למרות היחסים המדיניים בין השניים, מצרים היא שותפה ביטחונית חשובה לישראל. 

ישראל גם דחפה את מצרים בשבועות האחרונים לקבל נוכחות צבאית ישראלית לאורך גבול עזה-מצרים ולאפשר לבצע סיורים בשטח מצרים כדי למנוע הברחות נשק של חמאס. מצרים דחתה את ההצעה כהפרה של ריבונותה. ישראל גם האשימה את מצרים בכך שהיא מאפשרת לחמאס להבריח נשק דרך גבול עזה עם מצרים. "מצרים לא עשתה עבודה טובה בבדיקת מה 'זורם' לעזה", אמר בכיר בצבא הישראלי. גורמים מצריים דחו את ההאשמה.

המלחמה פגעה גם בקשרים הכלכליים והאזרחיים. הטיסות הישירות בין קהיר לתל אביב הופסקו והתיירות הישראלית במצרים כמעט נעצרה. גם פגישות של ארגון גז טבעי במזרח הים התיכון הושעו. "מאז שהמלחמה התחילה בעזה, זה לא נראה טוב. נראה שיש חוסר אמון", אמר מוחמד אנואר סאדאת, לשעבר חבר הפרלמנט המצרי.

מצרים טוענת שישראל צריכה להיות אחראית לגורלה של אוכלוסייה אזרחית בשטח שהיא כובשת ומודאגת גם מכך שחמאס וחמושים אחרים יכנסו יחד עם פליטים אזרחיים, ויצרו סיכון ביטחוני במדינה. לפי גורמים מצריים. א-סיסי והגנרלים השליטים במצרים נבהלו מהדרישה של חברי כנסת ישראלים להעביר את אוכלוסיית עזה בכוח למצרים. המודיעין הצבאי המצרי לא מצא עדות לתוכנית לגרש את הפלסטינים, אך ההצהרות שכנעו את ממשלת מצרים שיש תוכנית ישראלית סודית, כך לפי גורמים מצריים. בתגובה, מצרים אמרה שכל ניסיון להעביר מיליוני עקורים פלסטינים "יקרע" את היחסים בין שתי המדינות.

במקביל, הצוות המשפטי הישראלי בבית הדין הבינלאומי טען כי קהיר אשמה בכישלונות באספקת סיוע הומניטרי לעזה מהצד של מצרים של מעבר רפיח. בכירי המודיעין והביטחון המצרי כינסו פגישה באותו יום כדי לדון בהחזרת השגריר המצרי מישראל. לאחר כמעט חמש שעות של דיונים, הם החליטו שבמקום זאת עדיף לפרסם הצהרה המכחישה את הטענות. "אתה באמצע המלחמה והמתחים הם טבעיים", אמר דניאל קורצר, לשעבר שגריר ארה"ב במצרים ובישראל. "הם בחיבוק דוב. הם צריכים אחד את השני".